民國32年
32年04月01 本校創立，原名為「澎湖廳立馬公高等女學校」招收4年制女學生，無初高中之分。首任校長為橋本市郎先生。以城隍廟西側前馬公公會堂為主校舍(約今馬公市長安里建國路、中正路、永興街、光武街之間)，並利用城隍廟東鄰前圖書館做為分離教室上音樂課及安置第二屆以後之學生
民國34年
34年11月12 臺灣光復後，吳南先生奉命接任光復後第一任校長。民國34年11月12日更名為「臺灣省立馬公女子中學」(初中部)。原校舍因美軍空襲炸毀，遷址至今馬公市中興里(現中正國小)
民國35年
35年03月04 改名為「臺灣省立馬公中學」，男女兼收，於5月12日改制完成
民國36年
36年05月06 張振文先生接任第二任校長
36年09月01 段世崑女士接任第三任校長。增收高中部，男女兼收，並增設2年制簡易師範班(1班)
民國37年
37年08月 鄭啟中先生接任第四任校長
37年08月09 簡易師範班改四年制簡易師範科
民國38年
38年08月10 張開獄先生接任第五任校長。白沙、湖西、西嶼三所縣立初級中學合併於本校初中部，一切漸趨規模
民國41年
41年07月停止招收簡易師範科，改設一年制特別師範班(1班)，並於民國42年7月完全停辦
民國45年
45年12月25 因校舍不敷使用，建分部於今馬公市朝陽里(即現址)
民國46年
46年10月13 敬業樓完工，作為初中部辦公大樓及教學大樓(現已拆除)
民國47年
47年08月 史麟生先生接任第六任校長，自民國47-51年初中部一、二年級均在分部上課
民國49年
49年08月 高惠如先生接任第七任校長
民國50年
50年04月18 高惠如校長提出本部遷到分部之校址合併計畫，與縣政府交涉獲得同意
50年10月31 馬中青年月刊創刊
民國51年
51年 湯孝彬先生接任第八任校長
51年05月12 辦理改制後首次校慶活動
民國54年
54年02月13 鄭繼孟先生接任第九任校長，並開始擴增興建校舍。
54年12月08 樂羣樓完工，作為辦公大樓使用，敬業樓轉為教學大樓(現已拆除)
民國56年
56年11月 全校遷入分部上課，完成合併
民國57年
57年08月 王應祥先生接任第十任校長。九年國教開始實施，初中部停招，增設家事科一班
民國59年
59年08月01 改制為臺灣省立馬公高級中學，白文卿先生接任第十一任校長
民國61年
61年11月19 體育館完工，提供體育活動之室內空間。(現已拆除)
61年 增設商業經營科(1班)
民國63年
63年08月 楊壽喬先生接任第十二任校長，商業經營科增招成2班，逐年停招家事科
民國66年
66年08月 許朝智先生接任第十三任校長
民國68年
68年07月28成立附設高級夜間進修補習學校，招收普通科及商科共3個班
民國69年
69年08月02 汪沱先生接任第十四任校長
民國73年
73年04月16 崇實樓完工
民國76年
76年08月01 薛國忠先生接任第十五任校長，任期內興建崇正堂、調科大樓、勤毅樓、誠正樓、工藝大樓、美術大樓
民國77年
77年09月05 將「誠正勤毅」定為本校校訓
77年10月28 崇正堂完工
民國78年
78年08月14 勤毅樓完工
民國80年
80年01月11 增設延長國教春季班及觀光事業科(1班)
80年04月30 李闢澐老師榮獲教育部優良教師獎
民國81年
81年08月01 增設美術班(1班)
81年10月22 誠正樓第一、二層樓完工
民國83年
83年 謝聰明老師於本校成立「墨齋書法社」
83年07月28 調科大樓完工
民國84年
84年 謝聰明老師完成本校書法教室建置
84年06月15 美術大樓完工
84年06 謝聰明老師出版著作《思想起，二崁古厝》
84年06 郭金龍老師與洪瑞全老師等人合著出版《澎湖群島之地質與地形》
84年12 蔡丁進老師擔任「硓𥑮石季刊」總編輯
民國85年
85年 延教春季班更名為實用技能班
85年06 許勝文老師出版著作《𥑮硓傳奇》
民國86年
86年04月15 工藝大樓完工
86年08月 增設音樂班(1班)
民國88年
88年06月17 誠正樓第三層完工
88年06 陳鼎盛老師出版著作《追思軒吟草》
88年08月27 薛國忠校長退休，陳進福先生接任第十六任校長，增設資料處理科，停辦夜間補習學校，並調整實用技能班為秋季班
民國89年
89年02月01 更名為國立馬公高級中學
89年08月 增設綜合高中部
民國91年
91年08月 增設體育班(1班)
91年03月 蔡丁炎主任完成校園整體規劃興建工程計劃，提報校務會議議決通過
民國92年
92年02月01 陳進福校長退休，林亨華先生接任第十七任校長
92年03 中央研究院臺灣史研究所許雪姬研究員、林文鎮老師出版著作《澎湖早期的職業婦女─醫師與教師》文化叢書
92年04月12 謝宗達老師為總策畫、傑出校友許一男老師為編輯顧問、謝聰明老師為總編輯，蔡光庭老師、林麗芬老師為副總編輯，出版《繾綣 國立馬公高級中學創校60週年特刊》
92年05月15 校友林重威醫師(林亨華校長公子)於SARS疫情中殉職，總統到校慰問並承諾林亨華校長重建馬高校舍
92年06月校園整體規劃構想書第一次修訂；實施期程修訂為三期、將原訂第二期實施之運動休閒併入第一期，第一期分兩階段執行
92年08月上網公開遴選規劃、設計、監造建築師之服務建議書
民國93年
93年01月建築師提送執行計劃書
93年01月校舍基地測量完成、提送測量成果圖
93年02月建築師到校與總務處蔡丁炎主任討論校園整體規劃、校舍配置事宜
93年 許勝文老師帶領馬高國樂社及方湖國樂團在臺北國家演奏廳演出〈菊島絲竹情〉
93年02月 陳水扁總統蒞臨參與新校舍動土典禮，啟動校舍重建工程
93年06月 首度舉辦國際教育旅行前往日本德島參訪城北高中及城西高中，開啟馬高前進國際之序曲
93年06月30 《風之島》創刊，由許勝文老師所創立的風之島文學網校內學生發表所發表的作品編撰而成
民國94年
94年07月29-31 本校圖書館與文化局、澎水合辦第一屆菊島文藝創作研習營
94年03月 93學年度校務評鑑
民國95年
95年01月 校務會議通過本校「教師擔任導師辦法」
95年06月 圖書館成立臺灣文學館專區
95年08月23-24 圖書館辦理馬高記憶空間寫作營
95年08月實施95新課綱。
95年12月 《馬高空間記憶作品集》出版，由林麗芬主任擔任總編輯向退休前輩與校友邀稿編纂
民國96年
96年03月 參加95學年度高中職籃球聯賽榮獲女生組乙級全國決賽第六名。
96年05月 辦理赴日本教育旅行
96年06月 首次申請高中優質化輔助方案核定經費300萬元
96年07.31-07.03 辦理高中美術班學生[海洋風情，青春創意］夏令營暨全國巡迴展覽
96年08月 與澎科大圖書館簽訂館際合作
96年12月 舉辦2007年國際教育旅行成果展暨活動推展
96年12月 參加96學年度高中職籃球聯賽榮獲女生組乙級全國決賽第六名。
96年12月 辦理優質化鄉土教學研究，探討澎湖五鄉一市之人文地理各項主題
民國97年
97年01月 學生讀書心得作品集《當思想發生碰撞》創刊，由林麗芬主任總編纂
97年03月 參加96學年度高中職籃球聯賽榮獲女生組乙級全國決賽第六名。
97年04月 2008年國際教育旅行成果展暨活動推展
97年05月 於本校辦理96學年度高中優質化輔助方案北區第五次交流觀摩暨經驗分享會議暨諮詢輔導訪視工作。
97年07月 學生優秀作品集出版＜96學年度讀書心得優秀作品集＞及＜96學年班級讀書會成果集＞。
97年08月 召開本校推動學生午餐委員會，並修訂通過本校「辦理學生午餐實施計畫」，學生午餐由委外經營改為學校自辦。
97年08月 工藝大樓屋頂維修工程完工
97年10月 總務處鄭振明主任完成校園改建第一期工程竣工
97年12月 班級讀書會成果《廣思集》創刊，由林麗芬主任總編纂
97年12月5日 全校師生千人傳書，將圖書館藏書送至新校舍圖書館
97年12月 搬遷至新校舍上班上課
民國98年
98年03月 97學年度校務評鑑，於7大評鑑領域獲5項一等，2項二等，總評一等，表現優良。
98年04月1日 校慶並辦理貴菊紀念圖書館落成典禮，啟用RFID借還書系統及自助借還書機。
98年05月19-24 辦理2009年至日本靜岡、東京之國際教育旅行
98年06月 推動班級讀書會，購置班級讀書會用書共48種。
98年08月 首次申請高中職均質化計畫，本校為澎湖區總計畫學校。
98年08月 教育部鄭瑞城部長蒞澎召開澎湖區各級校長座談會，林亨華校長於會中爭取3億2仟萬元經費興建實習旅館1棟及學生宿舍整修經費150萬元。
98年08月 停招綜合高中部，恢復招收商業經營科1班，普通科從6班增至9班
98年09月 因應99新課綱實施，申請「以縣市為伙伴學習群教師專業成長計畫」
98年10月31日 新校舍完工落成啟用，教育部吳部長清基親臨主持落成典禮
98年10月第二期操場及周邊景觀工程完工
98年10月 建置餐飲專業教室及日文專業教室
98年11月01 舉行新校舍公共藝術揭幕儀式
98學年 桑治強教官榮獲教育部教學卓越獎全民防衛動員課程優等(第1名)
民國99年
99年01月 勤毅樓電腦教室（七）及多媒體互動中心建置完成
99年01月 成立校務基金
99年01月 成立國立馬公高級中學課程發展委員會，規劃、審議本校整體課程等事宜
99年01月 成立國立馬公高級中學校務發展委員會，符應永續經營暨因應教育改革之需求
99年02月 校園網頁及網路設備更新
99年04月 榮獲高中優質化輔助方案特優學校
99年07月 通過高中優質化第一期程(96.97.98學年度)成果及及考核，申請優質化第二期程獲准。
99年08月01 林亨華校長退休，薛東埠先生接任第十八任校長
99年08月01 舉行公共藝術馬賽克鑲嵌壁畫「上善若水樂悠遊」完工捐贈典禮，該作由傑出校友許一男老師設計。
99年12月 許博硯同學「心回憶」開展，為美術班學生首次辦理個展
民國100年
100年01月07 李遠哲先生蒞臨本校辦理專題演講〈我的中學歲月〉
100年01月 參加教育部補助辦理教師專業發展評鑑實施計畫
100年05月23-28 辦理2011年赴日國際教育旅行
100年07 綜合高中學制結束辦理
100年08月 通過國立馬公高級中學班級讀書會實施計畫
100年09月26 與中山大學簽訂策略聯盟
100年10月 太陽能光電發電系統工程發包
100年12月22 與亞洲大學簽訂策略聯盟
民國101年
101年05 完成本校校園整體規劃及改建工程暨植栽工程第一階段第二次保固期滿會勘
101年06月 首度接待國際友校日本靜岡縣立吉原高校到校參訪，並進行homestay、入班學習及文化體驗活動。
100學年度 李岳耿教官榮獲國防部101年全民國防教育傑出貢獻獎個人獎
民國102年
102年01月 中長期校務發展計畫修正，配合校長之任期由原99至108年計畫期程修改為99年至107年
102年01月08 與明道大學簽訂策略聯盟
102年02月14 與百世多麗花園酒店進行產學合作簽約儀式
102年03 101學年度校務評鑑，總評一等，表現優良。
102年04月 辦理創校70週年校慶
102年08 辦理十二年國民教育五堂課實體研習
102年12月17 與高雄科技大學簽訂策略聯盟
民國103年
103年03月21 與南華大學簽訂策略聯盟
103年04月 二度接待吉原高校古箏社到訪，開啟締結姊妹校契機
103年08月13許勝文老師帶領馬高國樂社及方湖國樂團在臺北國家音樂廳演出〈澎湖絲竹〉國樂演奏會，為本縣音樂團體首度登上國家音樂廳
103年08月 圖書館自動化系統更換
民國104年
104年03月30 與長榮大學簽訂策略聯盟
104年05 赴日本關東進行國際教育旅行
104年05月 圖書館設置自助借還書機
104年08月 因應少子化調整科班，普通科減收1班剩8班，增收觀光事業科1班調成2班
104年10月16 與高苑科技大學簽訂策略聯盟
104年11月12 與台灣首府大學簽訂策略聯盟
104年12月 圖書館新增電子書系統
民國105年
105年02月02 與嘉南藥理大學簽訂策略聯盟
105年02月 閱覽室地板整修工程、設置閱覽室置物櫃
105年02月馬公高中誠正樓耐震補強工程
105年06月20 與澎湖科技大學簽訂策略聯盟
105年06月30 重新成立青年棒球隊，並報名第四屆黑豹旗全國高中棒球大賽，完整全台22縣市都有球隊參賽之紀錄
105年07月29 舉行「翻浪~渡海的理想」揭幕儀式。該作由傑出校友許一男老師設計，為象徵校園精神與文化的意象圖騰。
105年08月 薛東埠校長轉任國立虎尾高中校長，黃肇國先生接任第十九任校長，成立校友基金。提出以「海洋立校、多元展能、公民實踐」作為學校願景，以「品德、知識、行動、創造」作為學生圖像。
105年08月12 紀錄片「逐風少年」上映，記錄台灣首位本土風浪板奧運國手暨知名校友張浩的生命故事
105年9月舞蹈教室空間及設備改善工程
105年10月 首次參加黑豹旗棒球賽。
105年11月14-19 辦理赴日教育旅行
民國106年
106年01月09 與日本吉原高校締結姐妹校，為第一所與日本高中簽約的離島高中
106年02 與東海大學簽訂策略聯盟
106年02月10 與國立屏東大學簽訂策略聯盟
106年02月16 與臺北城市科技大學簽訂策略聯盟
106年03月 105學年度校務評鑑，總評一等，表現優良。
106年04月 赴日參加吉原高校校慶活動
106年05月 赴日本沖繩進行國際教育旅行
106年07月25 由傑出校友薛光豐校長(時任國際教育旅行聯盟總會長暨文華高中校長安排韓國校長團蒞校交流
106年07 國教署邱乾國署長蒞校訪視，補助500萬經費進行設備更新，並請本校另案申請學生宿舍整修經費。
106年09 辦理「106學年度技職再造計畫」之「業師協同教學」、「提升實習實作能力畫」及「業界實習和職場體驗計畫」
106年11月01 與國立中興大學簽訂策略聯盟
106年12月20 與馬來西亞吉隆坡坤成中學締結姊妹校。坤成中學師生共108人蒞校交流，並與本校管樂團、合唱團共同於澎湖縣演藝廳辦理聯合音樂會
106年12月 圖書館外牆及屋頂防水整修工程
民國107年
107年01月29 與實踐大學簽訂策略聯盟，與中山大學及高雄醫學大學續簽策略聯盟
107年01 修改本校學生圖像「品德、知識、創造、行動」，將「知識」修訂為「智慧」
107年03月31-04月03 本姊妹校吉原高校校長及師生共7人蒞校交流
107年03至04月 辦理75周年校慶系列活動
107年04月 靜岡縣吉原高校蒞校參訪交流
107年05月 與臺北市麗山高中交換學生交流活動
107年06月 完成國教署補助100萬元經費進行學生宿舍整修。
107年06月 訂定本校「彈性學習時間規劃辦理原則」
107年06月校區照明系統改善工程
107年07月綜合球場場地整修工程
107年08月 新增舞蹈班，完備澎湖國教階段藝才班體系，普通科減少1班。
107年08 完成綜合球場整修工程
107年09月10 與義守大學簽訂策略聯盟
107年11月11-17 首度前往韓國與首爾觀光高中進行國際交流活動
107年12月 完成全校無線網路工程
107年12 完成海洋創客中心(CEO)及專科教室一整修驗收。
民國108年
108年01月 召開108年度「校園環境規劃委員會」，決議向國教署提出申請興建教職員宿舍計畫
108年02月15 與中原大學簽訂策略聯盟
108年03月27-04月02與臺北市麗山高中校際交流
108年03月31 與吉原高校締結姊妹校之後，首度來訪參加校慶及交流體驗活動
108年05月08 與輔英科技大學簽訂策略聯盟
108年06月06 與高雄市立新莊高中簽訂交換學校學習計畫
107年05月20-27 與麗山高中進行交換學校學習計畫
108年08月01 黃肇國校長退休，丁志昱先生接任本校第二十任校長
108年08月01-07 管樂社與馬來西亞姊妹校吉隆坡坤成中學進行國際教育交流活動，並聯合辦理音樂會演出活動
108年08 實施108新課綱，開設校定必修課程(澎湖人文導論、澎湖自然導論、專題製作與表達)。
108年09月25 歷史科張祖德老師為海洋教育扎根付出，榮獲107學年度師鐸獎
108年11月運動場跑道整建
108年12月勤毅樓及誠正樓廁所整修工程
民國109年
109年01月20 與致理科技大學簽訂策略聯盟
109年02月 圖書館二樓進行空間活化，新增資訊檢索與討論區
109年03月28 前校長黃肇國帶領學生至中屯海域泛舟，協同三立電台推廣海洋教育
109年03月圖書館資訊檢索區空間改造
109年05月 高中職校際交流計畫簽約，與彰化女中簽訂短期學生交換計畫
109年06月10 丁志昱校長帶領學生於機場進行世界海洋日教育活動，宣導海洋生態保育之重要性
109年06月21-26 馬高師生協同臺師大公領系進行六天五夜獨木舟澎湖跨島航行，深耕海洋教育
109年06月29 與彰化女中簽訂策略聯盟交換學生計畫
獲選為教育部109年適性教學-國語文領域教材研發基地學校
109年07月 協助辦理「澎湖學子暑假FUN科學」活動
109年07月109年教學空間活化工程
109年08月校史室裝潢工程
109年08月崇正堂活動中心屋頂漏水整修工程
109年09月30 完成校史大事紀之編撰作業
109年09月誠正樓屋頂牌樓修繕工程
109年09月舞蹈教室活化工程
109年10月 校史室完成遷建
109年10月22 與高雄市立林園高中締結學習夥伴學校
109年11月07 馬公高中全國校友會成立，並舉行第一次校友大會，由傑出校友張宗元先生當選第一任理事長
109年11月09 與吳鳳科技大學締結策略聯盟學校
榮獲教育部2020年海洋教育推手獎-課程教學團隊獎
109年12月 與交通大學合作「雙師攜手、數位樂學」計畫，在Ewant育網開放教育平台成立夥伴學校專區
民國110年
110年01月23 與馬支部簽訂策略聯盟
110年01月24 傑出校友唐一弘先生當選全國高中職家長協會理事長
獲選為教育部國教署110年海洋教育創新課程與教學研發基地
獲選為教育部110年適性教學-高中國語文領域教材研發中心學校
110年02月 校務會議通過110學年度申請雙語實驗班
110年01月教職員工宿舍興建工程
110年03月馬公高中建置校區菱形網圍籬工程
110年03月教學大樓漏水整修工程
110年04月01 校史室於校慶活動舉行正式揭牌儀式
110年04月01 與日本兵庫縣立大學簽訂簽訂策略聯盟
110年04月19 第一屆彰化女中短期交換學習計畫學生到本校入班學習
110年06月110年教學空間活化工程發包施工
110年06月學生宿舍生活環境改善工程發包施工
110年07月01 成立適用110學年入學之雙語實驗班
110年08月特殊教育友善教學空間工程發包施工
110年8月空調改善-增設電源自動切換開關及普通教室冷氣迴路
110年08月節能燈具-螢光燈具換裝LED燈具教室施工
110年08月 完成修訂110-117學年度中長程校務發展計畫
110年09月15 與中山高醫攻頂大學聯盟(含中山大學、高雄醫學大學)簽訂策略聯盟
110年09月數位電話總機及話機擴充教室分機施工
110年09月馬公高中北側大門旁空間整修工程(守衛室)施工
110年09月 榮獲教育部因材網中心績優學校
110年10月馬公高中專科教室冷氣設置施工
110年11月11 與國立臺中科技大學簽訂策略聯盟
110年11月 榮獲旺宏科學獎科普閱讀獎圖書館組
110年12月 榮獲110年教育部因材網中心績優學校，林麗芬老師榮獲110年國語文領域績優教師
110年12月26 陳冠宏老師指導管樂團參加2021年臺南亞太管樂節-首屆管樂合奏大賽公開組榮獲頂尖獎
110年12月美術教學大樓電力設備改善施工
民國111年
獲選為教育部國教署111年海洋教育創新課程與教學研發基地
獲選為教育部111年適性教學-高中國語文領域教材研發中心學校
111年02月教職員宿舍裝修及雜項工程發包施工
111年02月校園能源管理系統(EMS)委託建置案施工
111年03月02 與美國麻州威斯頓劍橋高中(The Cambridge School of Weston; CSW)簽訂教育交流合作備忘錄，締結姊妹校
111年04 與日本兵庫縣縣立大學簽訂合作備忘錄
111年04月27 與彰化師範大學簽訂策略聯盟
111年05月 80週年校慶系列活動—種植南洋杉，由傑出校友王明前學長捐贈南洋杉
111年06月 111年教學空間活化工程施工
111年06月 實習場域改善工程施工
111年07月 馬公高中北側停車場管理設備系統施工
111年08月22日 許勝文老師帶領馬高國樂社及ＤＦ現代樂團在臺北國家音樂廳演出《澎湖絲竹—傳唱》國樂演奏會
111年11月21日 本校榮獲111 年第 9 屆教育部藝術教育貢獻獎 高中組 績優學校獎
112年02月24日 鳥瞰馬高80 全校空拍活動 為學校首度舉行
112年02月27日 女籃隊締造隊史，首度贏得南區冠軍
112年03月31日 80週年校慶音樂會–「蛻變」
112年04月01日 80週年校慶慶祝大會暨感恩餐會
112年04月16-22日 首度接待美國姐妹校威斯頓劍橋中學師生蒞校交流，同時接待台北麗山高中交換學生
112年05月08日 澎湖國際海上花火節 舉辦馬高之夜
112年10月10日 本校合唱團受邀擔任112年國慶大會國歌領唱，指導老師林佩貞老師擔任指揮，張曼君老師、廖暐燁老師協助指導。石仲哲校長和全國校友會李東實理事長伉儷受邀參與國慶大會。
112年08月01日 丁志昱校長榮調二林商工，石仲哲先生接任本校第二十一任校長
112年12月06-11日 石仲哲校長率團(師4人，生19人)前往姊妹校日本靜岡縣立吉原高校進行交流，同時致贈謝聰明老師所書之「墨緣長固」書法作品。